常用链接

定量药理学软件和学习资料

1. 非线性混合效应模型拟合的主要数据处理软件
   NONMEM（付费软件）
   Phoenix NLME（付费软件）
   Monolix（对学术机构研究人员免费，参数估计主要基于SAEM算法）
   nlmixr（基于R语言的非线性混合效果建模平台，可免费使用）
   Pmetrics（基于R语言的非参数化和参数化群体PK/PD分析软件，由美国南加利福尼亚大学LAPKB实验室开发与维护，可免费使用）

2. NONMEM建模学习资源
   List resources for NONMEM.pdf（罗列了非线性混合效应模型与相关概念技术的主要参考文献、书籍和资料等）

生理药物动力学软件和学习资料

1. 主要的PBPK建模软件
   Simcyp Simulator（商业化软件，学术界科研人员在通过Certara Simcyp Full workshop或系列Focused workshops可申请学术版权授权），软件主要功能与特点详见Jamei M. Drug Metab Toxicol. 2009。
   GastroPlus（商业化软件,美国Simulations Plus公司研发的基于机制性生理模型的药代动力学、药效动力学PBPK/PD 模拟软件）
   PhysPK （商业化软件,基于机制性生理模型的药代动力学交互式仿真软件）
   PK-Sim and MoBi（开源软件），其官方的github网页包含该软件的下载安装包、培训资料、PBPK/QSP模型库和交流学习与反馈记录等。
   DallphinAtoM和DallphinDDI（人体PK和DDI预测的开源PBPK软件，由韩国加图立大学的研究人员开发与维护，软件设计风格类似于Simcyp软件的简版）
   PKQuest（基于Java的免费PBPK软件，由明尼苏达大学的David G. Levitt教授开发与维护，并配有textbook“Computer Assisted Human Pharmacokinetics”）
   Trent University PBPK program（开放获取软件），包含Excel Spreadsheet Beta Version和Visual Basic Version两种形式供下载使用。
   Manchester PBPK（开源，基于Shiny的PBPK app，比较适用于教学工作）
   MEGen（注册申请使用，Web application to generate PBPK model equations）
   IndusChemFate model（开放获取软件，基于MS Excel spreadsheet平台，适用于吸入、口服和皮肤吸收途径）

2. PBPK建模学习资源
   PBPK模型基本概念（Jones H. CPT Pharmacometrics Syst Pharmacol. 2013）
   PBPK模型如何整合ADME过程、参数变异度及协变量因素（Jamei M. Drug Metab Pharmacokinet. 2009）
   Physiologically Based Pharmacokinetic (PBPK) Modeling and Simulations: Principles, Methods, and Applications in the Pharmaceutical Industry. （目前PBPK领域近乎“唯一”的专业书籍，全方面地介绍PBPK模型及其应用，其2012年第一版的中文翻译版由张振清教授等人主译）