参数、公式、标签与关键字 本节详细描述了在 MoBi 中进行模型构建时如何使用重要概念。 首先，解释不同类型的参数及其属性。 然后，描述不同类型公式的使用。公式用于定义参数、反应动力学、运输过程、观察器方程和分子初始条件。 接下来是标签概念的解释。标签广泛用于定义观察器、运输过程、事件、参数的定位条件，以及求和公式。 最后，列出了可在路径中用于定义公式引用的特殊关键字。 参数 功能概览 在所有构建单元中，可能需要创建和编辑参数。参数通常列在名为"Parameters"（参数）的单独选项卡视图中。参数用于描述分子、反…
个体（Individuals） 个体构建单元（BB）包含描述生理学的物种特异性和个体特异性参数。表达谱是定义个体生理特性的参数路径和值的列表。 具体而言，个体 BB 包含的参数具有以下特征： 仅存在于特定物种中：例如 Organism|Lumen|Duodenum|Thickness_p1 仅存在于人类物种中，但不存在于大鼠中；而 Organism|Lumen|Duodenum|Default thickness of gut wall 则存在于大鼠中但不存在于人类中。 具有不同的物种特异性值：例如 Organis…
表达谱（Expression Profiles） 表达谱构建单元（BB）包含蛋白质的表达和定位信息。表达谱是一组参数路径和值的列表，用于定义蛋白质的表达，以及蛋白质分子在不同隔室中的初始条件。 从 PK-Sim 导入 PBPK 模型时，PK-Sim 模型中定义的每个蛋白质都会创建一个新的表达谱 BB。 与其他构建单元类型不同，表达谱 BB 不是模块的一部分，而是存储在 MoBi 项目浏览器的独立文件夹中。它们可以与项目的任何模块组合使用。如果模块不包含表达谱中定义的蛋白质，则该表达谱对模拟没有影响。 表达谱 — 功…
初始条件（Initial Conditions） 初始条件（IC）构建单元（BB）定义了分子将要存在的容器以及它们的初始量。 以下章节描述了在从 PK-Sim 导出的 PBPK 模型上 IC BB 的各项功能。随后，通过一个简单的示例演示如何创建新的 IC BB 并填充信息。 初始条件 — 功能概览 IC BB 可以包含跨不同模块的物理容器中分子的条目。 与其他构建单元类型（参数值 BB 除外）不同，多个 IC BB 可以在一个模块内创建。这允许您为不同的模拟场景定义不同的初始条件。例如，内源性分子的不同初始浓度可…
参数值（Parameter Values） 参数值（PV）构建单元（BB）定义了模拟结构中各种参数的值。默认情况下，PV BB 应仅包含与参数定义所在构建单元中的默认值不同的值。 此外，PV BB 还可以在模拟创建过程中创建新参数。 以下章节描述了 PV BB 的各项功能。随后，通过一个简单的示例演示如何创建新的 PV BB 并填充信息。 参数值 — 功能概览 与其他构建单元类型（初始条件 BB 除外）不同，多个 PV BB 可以在一个模块内创建。这允许您为不同的模拟场景定义不同的参数化方案。例如，不同的参数集可以…
事件（Events） 事件（Event）用于在给定条件满足时改变某个实体，例如分子量或反应速率。该条件可以是例如达到给定模拟时间，或分子浓度超过某个值。因此，这种编程事件用于反映对模拟的外部变化，如药物给药或空间结构的突然物理变化（如血管破裂）。 事件的一种特殊情况是应用（Application），用于在给定时间将一定量的分子施加到容器中。这通常用于模拟向体内给药。 事件和应用被组织在事件构建单元（BB）中。多个事件可以组合为事件组，并以类似于空间结构的容器层级进行组织。从 PK-Sim® 项目导入的模拟包含所有已…
观察器（Observers） 观察器（Observer）是一种可在图表中显示的输出（参见模拟结果），它通过定义的公式从一个或多个分子/参数中派生而来。观察器分为两大类：分子观察器（Molecule Observers）和容器观察器（Container Observers）；本节将详细说明这两类观察器的创建与编辑方法。它们之间的主要区别在于： 分子观察器针对物理容器中存在该分子的分子实例进行计算。 容器观察器可针对空间结构中的任意容器（物理容器和逻辑容器）进行计算，无论该容器中是否存在特定分子。不过，即使是容器观察器…
被动运输（Passive Transports, PT）构建单元包含对所有非固定分子通用的被动运输过程。这些过程由源容器和目标容器以及定义运输速率的动力学公式确定。典型例子包括被动扩散、体液流动（如血液）或灌注过程。 与分子构建单元中定义的主动运输过程不同，被动运输不需要转运蛋白。 以下基于从 PK-Sim 导出的 PBPK 模型描述被动运输构建单元的功能。随后给出一个从零创建被动运输的简单示例。 被动运输——功能概览 从 PK-Sim® 加载 PBPK 模型后，导入的 PK-Sim® 模块中会提供一组被动运输。双…
在 反应（Reactions）构建单元中，定义了当前项目感兴趣的所有（生物）化学反应。每个反应都有一个唯一的名称、一个反应动力学方程、若干参数，以及所需的反应伙伴（反应物）。 在新创建的项目中，打开 Reactions 文件夹，右键单击该构建单元并选择 Edit，或直接双击打开。 将打开一个带有空白图表区域的新标签页。这是可以添加新反应和分子或从其他项目加载反应的工作区。同样，MoBi® 窗口的功能区将切换为与反应相关的视图，名称为"Edit Reaction"。 反应的操作主要在反应图表（Reaction Dia…
引言 分子（Molecules）构建单元包含项目中所有分子及其默认起始值、分子特定参数和属性。每个分子有一个名称，通常为化合物名称。你可以定义参数和属性来描述理化性质，如溶解度或亲脂性。这些参数之后可用于反应、被动运输和主动运输过程，或影响事件。此外，如果与模型相关，还需为每个分子定义主动转运蛋白分子和主动运输过程。 以下章节将基于从 PK-Sim® 导出的 PBPK 模型介绍分子构建单元的功能。随后给出一个简单的示例，从零开始创建分子。 原文链接：Molecules | Open Systems Pharmaco…
空间结构（Spatial Structures） 空间结构是一种容器（隔室）的层级排列，可以代表由器官、细胞和其他亚结构组成的生物体；也可以是实验室装置，例如试管或带有互连隔室的流动腔。通常，每个结构都由物理参数描述，尤其是体积。 有两种类型的容器可用——逻辑容器和物理容器。逻辑容器不代表含有分子的真实容器，而是用于将多个子容器分组。例如，一个器官可以将血液、组织间液和细胞等物理容器归组在一起。逻辑容器也可用于将多个器官组合为一个系统，如胃肠道或整个生物体。逻辑容器可以包含其他逻辑容器或物理容器。 物理容器代表可以…
模块化概念 从版本 12 开始，OSP Suite 引入了全新的模块化概念用于在 MoBi 中构建模型。这一新概念允许用户通过将模型拆分为更小、可管理的组件——称为模块（module）——来更高效地创建、共享和复用模型。 本节概述模块化概念，特别适合熟悉 MoBi 早期版本的用户。它解释了使用模块的优势、如何创建和管理模块，以及模块组合的规则。 一个展示如何在实际中使用模块化概念的示例工作流可参见此处。 MoBi 项目结构 新概念改变了模型结构的组织方式和组合为模拟的方式。OSP Suite V12 之前版本中，M…
