事件（Events） 事件（Event）用于在给定条件满足时改变某个实体，例如分子量或反应速率。该条件可以是例如达到给定模拟时间，或分子浓度超过某个值。因此，这种编程事件用于反映对模拟的外部变化，如药物给药或空间结构的突然物理变化（如血管破裂）。 事件的一种特殊情况是应用（Application），用于在给定时间将一定量的分子施加到容器中。这通常用于模拟向体内给药。 事件和应用被组织在事件构建单元（BB）中。多个事件可以组合为事件组，并以类似于空间结构的容器层级进行组织。从 PK-Sim® 项目导入的模拟包含所有已…
观察器（Observers） 观察器（Observer）是一种可在图表中显示的输出（参见模拟结果），它通过定义的公式从一个或多个分子/参数中派生而来。观察器分为两大类：分子观察器（Molecule Observers）和容器观察器（Container Observers）；本节将详细说明这两类观察器的创建与编辑方法。它们之间的主要区别在于： 分子观察器针对物理容器中存在该分子的分子实例进行计算。 容器观察器可针对空间结构中的任意容器（物理容器和逻辑容器）进行计算，无论该容器中是否存在特定分子。不过，即使是容器观察器…
被动运输（Passive Transports, PT）构建单元包含对所有非固定分子通用的被动运输过程。这些过程由源容器和目标容器以及定义运输速率的动力学公式确定。典型例子包括被动扩散、体液流动（如血液）或灌注过程。 与分子构建单元中定义的主动运输过程不同，被动运输不需要转运蛋白。 以下基于从 PK-Sim 导出的 PBPK 模型描述被动运输构建单元的功能。随后给出一个从零创建被动运输的简单示例。 被动运输——功能概览 从 PK-Sim® 加载 PBPK 模型后，导入的 PK-Sim® 模块中会提供一组被动运输。双…
在 反应（Reactions）构建单元中，定义了当前项目感兴趣的所有（生物）化学反应。每个反应都有一个唯一的名称、一个反应动力学方程、若干参数，以及所需的反应伙伴（反应物）。 在新创建的项目中，打开 Reactions 文件夹，右键单击该构建单元并选择 Edit，或直接双击打开。 将打开一个带有空白图表区域的新标签页。这是可以添加新反应和分子或从其他项目加载反应的工作区。同样，MoBi® 窗口的功能区将切换为与反应相关的视图，名称为"Edit Reaction"。 反应的操作主要在反应图表（Reaction Dia…
引言 分子（Molecules）构建单元包含项目中所有分子及其默认起始值、分子特定参数和属性。每个分子有一个名称，通常为化合物名称。你可以定义参数和属性来描述理化性质，如溶解度或亲脂性。这些参数之后可用于反应、被动运输和主动运输过程，或影响事件。如果与模型相关，还需为每个分子定义主动转运蛋白分子和主动运输过程。 以下章节将基于从 PK-Sim® 导出的 PBPK 模型介绍分子构建单元的功能。随后给出一个简单的示例，从零开始创建分子。 原文链接：Molecules | Open Systems Pharmacolog…
空间结构（Spatial Structures） 空间结构是一种容器（隔室）的层级排列，可以代表由器官、细胞和其他亚结构组成的生物体；也可以是实验室装置，例如试管或带有互连隔室的流动腔。通常，每个结构都由物理参数描述，尤其是体积。 有两种类型的容器可用——逻辑容器和物理容器。逻辑容器不代表含有分子的真实容器，而是用于将多个子容器分组。例如，一个器官可以将血液、组织间液和细胞等物理容器归组在一起。逻辑容器也可用于将多个器官组合为一个系统，如胃肠道或整个生物体。逻辑容器可以包含其他逻辑容器或物理容器。 物理容器代表可以…
模块化概念 从版本 12 开始，OSP Suite 引入了全新的模块化概念用于在 MoBi 中构建模型。这一新概念允许用户通过将模型拆分为更小、可管理的组件——称为模块（module）——来更高效地创建、共享和复用模型。 本节概述模块化概念，特别适合熟悉 MoBi 早期版本的用户。它解释了使用模块的优势、如何创建和管理模块，以及模块组合的规则。 一个展示如何在实际中使用模块化概念的示例工作流可参见此处。 MoBi 项目结构 新概念改变了模型结构的组织方式和组合为模拟的方式。OSP Suite V12 之前版本中，M…
构建单元概念 MoBi® 中的构建单元（Building Block, BB）概念为模型创建提供了极大的灵活性，并实现了模型组件的可复用性。构建单元概念聚焦于系统中各组件之间实际的物理相互作用——即一旦两种分子被定义为反应伙伴，只要它们在同一容器中同时存在，就可以在模型的任何容器中发生相互作用。而分子的可用性又取决于模型的结构组织——即两个容器是否通过所谓的"邻域关系"（neighborhood relation）连接，以及组件是否可以进行主动或被动运输。 因此，构建单元概念极大地支持了以下两者之间的结构性分离：由…
目录 简介 MoBi® 窗口概览 从 PK-Sim® 导入 PBPK 模型 从零开始创建项目 创建并运行模拟 First Steps（入门指南） 本节将引导您完成 MoBi® 的第一个项目，并帮助您熟悉软件的用户界面。如果您已经熟悉 MoBi®，并希望了解模块化概念，请参阅模块化概念。 首先，我们将介绍 MoBi® 的窗口结构以及创建新 MoBi® 项目的基本步骤，随后描述如何设置和执行模拟。还将解释如何从 PK-Sim® 导入模拟。不过，MoBi® 还可以完成更复杂的应用，请参阅后续章节获取更详细的说明。 要创建…
OSP Suite：模块、理念与构建单元 摘要 本文是 Open Systems Pharmacology Suite（OSP Suite） 官方文档中“Modules, Philosophy, and Building Blocks”一节的个人学习笔记。原文介绍了 OSP 平台的整体软件生态、两个核心建模工具 PK-Sim 与 MoBi 的分工，以及支撑模型构建与复用的构建单元（building blocks）理念。笔记保留了原文的全部要点和两张核心图，并将内容译成中文，方便日后快速查阅。 引言 OSP Suit…
工具笔记 / PK Simulation 工具地址：https://pk-simulation.xiangming-tao.chatgpt.site 它用来做什么 PK Simulation Lab 是一个浏览器端 PK 曲线演示工具。它适合快速说明房室结构、给药方式、协变量和稳态指标对浓度-时间曲线的影响。 目前支持 1/2/3 室模型、口服与静脉给药、线性/非线性/混合消除、多次给药、协变量开关、多方案对比、半对数坐标、关键 PK 指标展示、参数与结果导出。 首页概览：模型设置、模拟曲线、指标区和结果对比区在同…
这两天把一个一直拖着没做完的小工具补上了：一个能在浏览器里直接跑 PKNCA 非房室分析 的网页。 它不是为了替代正式统计软件，也不是想做成一个面面俱到的平台。更准确地说，它像是我给自己做的一张小工作台——专门处理那些需要快速看一眼、核对一下、顺手算一下的 NCA 场景。 这个工具目前已经放到线上，地址在这里：https://pknca-browser-nca.xiangming-tao.chatgpt.site。如果你那边直接打不开，也不用太意外，这个地址通常需要先有合适的网络访问环境。 起因其实很简单 平时真正…
