目录
First Steps（入门指南）
本节将引导您完成 MoBi® 的第一个项目，并帮助您熟悉软件的用户界面。如果您已经熟悉 MoBi®，并希望了解模块化概念，请参阅模块化概念。
首先，我们将介绍 MoBi® 的窗口结构以及创建新 MoBi® 项目的基本步骤，随后描述如何设置和执行模拟。此外，还将解释如何从 PK-Sim® 导入模拟。不过，MoBi® 还可以完成更复杂的应用，请参阅后续章节获取更详细的说明。
要创建您的第一个 MoBi® 项目，只需按照以下各节所述的步骤操作即可。
MoBi® - 窗口概览
在本节中，我们将简要介绍 MoBi® 的窗口架构，并介绍一些术语。
一个典型的 MoBi® 窗口如下图所示。窗口包含不同的子视图；虽然其中一些只有在创建项目后才会显示，但我们将在此处进行全面描述。
窗口主要由以下部分组成：
- 功能区选项卡（Ribbon Bar）：包括 File（文件）、Modeling（建模）、Parameter Identification & Sensitivity（参数识别与敏感性分析）、Working Journal（工作日志）、Import/Export（导入/导出）、Utilities（实用工具）和 Views（视图）选项卡。根据上下文，可能会出现其他选项卡，例如在编辑构建单元或模拟时。
- 模块浏览器（Modules Explorer）：位于左上方区域，可访问当前项目的所有模块及其构建单元，以及个体（Individuals）、表达谱（Expression Profiles）和观测数据（Observed Data）。
- 模拟浏览器（Simulation Explorer）：位于左下方区域，列出当前项目中定义的所有模拟、参数识别、敏感性分析和结果（比较）视图。
- 历史管理器（History Manager）：位于底部，显示模型开发的历史记录。
- 构建单元编辑器（Building Block Editor）：具有特定于构建单元的布局。通常，它由包含该构建单元所有元素的 列表（List）、树（Tree）或 图表区域（Diagram Area），以及一个 属性编辑器（Properties Editor）组成，您可以在其中编辑所选元素的属性。
您可以通过以下操作重新排列窗口：
- 点击功能区右上角的隐藏/显示按钮（小箭头图标）隐藏或显示功能区；
- 点击各面板标题栏上的自动隐藏/停靠按钮（图钉图标）自动隐藏或重新停靠 构建单元浏览器、模拟浏览器或 历史管理器；
- 点击面板标题栏上的关闭按钮（× 图标）关闭这些视图，或在 Utilities（实用工具）功能区 Views（视图）组中点击对应命令重新打开；
- 此外，您可以拖动这些视图并将其停靠到不同位置。为此，点击视图的标题栏，将其拖动并放置在停靠向导图标上。下图展示了窗口停靠到不同位置的效果：
以下我们描述各子视图的一些细节。
功能区栏（Ribbon Bar）
功能区栏提供了对应用程序各种功能的访问。
模块浏览器（Modules Explorer）
模块浏览器显示所有模块及其构建单元——Spatial Structures（空间结构）、Molecules（分子）、Reactions（反应）、Passive Transports（被动转运）、Observers（观察量）、Events（事件）、Parameter Values（参数值）、Initial Conditions（初始条件），以及位于模块外部的 Individuals（个体）和 Expression Profiles（表达谱）构建单元。此外，您还可以在模块浏览器中找到导入的观测数据。有关模块概念的更多信息，请参见模块化概念。各个构建单元的说明请参见构建单元概念。
为了方便组织项目，模块可以在模块浏览器中使用文件夹进行分组。
有关如何从模块创建模拟的详细说明，请参见设置模拟。
模拟浏览器（Simulation Explorer）
当您在当前项目中定义了模拟后，模拟浏览器将列出所有模拟。详情请参见模拟结果。
历史管理器（History Manager）
历史管理器列出所有建模步骤，并提供了查看早期版本的机会，从而查看项目的建模历史。详情请参见历史管理器与历史报告。
从 PK-Sim® 导入 PBPK 模型
在 MoBi® 中开发模型时，您可以从零开始创建，也可以从 PK-Sim® 导入 PBPK 模型并对其进行扩展。要导入 PBPK 模型，请按以下步骤操作：
- 在 PK-Sim® 中，创建包含所需化合物和个体的模拟。
- 将模拟保存为
*.pkml文件（参见导出至 MoBi®）。 - 启动 MoBi®。
- 使用 File（文件）菜单打开
*.pkml文件，选择工具栏上的 Open Simulation（打开模拟）命令（模拟图标）。
模拟将作为独立的 PK-Sim 模块加载到 MoBi® 中。此外，还会在 模块浏览器中创建一个个体（Individual）和一组表达谱（Expression Profiles）。如果 PK-Sim® 模拟中包含观测数据，这些数据也会被一并导入。
要向 PK-Sim® 模块添加扩展，请创建一个 扩展模块（Extension Module）。为此，在 模块浏览器中右键点击 Modules 文件夹，从上下文菜单中选择 Create Module...（创建模块...，加号图标）。将打开一个标题为 "New Module"（新模块）的新窗口。输入新模块的名称（例如 "Cimetidine Extension"），选择要在模块中创建的构建单元，选择合并行为（详见模块化概念），然后点击 OK。新模块将出现在模块浏览器中。
如果您在创建模块时未选择某些构建单元，可以稍后随时添加。
从零开始创建项目
或者，您可以从零开始创建新项目。开始使用 MoBi® 的第一步是创建一个新项目。为此，点击 File（文件）菜单中的 New（新建）。创建新项目时，您需要指定使用基于量（amount-based）还是基于浓度（concentration-based）的反应网络。
创建一个新模块，并在 "New Module" 窗口中选择要创建的所有构建单元。有关如何为各构建单元填充所需信息，请参见构建单元的说明。
创建并运行模拟
无论是从 PK-Sim® 导入的模型还是从零创建的模型，您现在都可以创建并运行模拟。请按照以下步骤操作：
- 在功能区 Modeling（建模）选项卡中，点击 Simulation（模拟，模拟图标）。模拟创建向导允许您输入模拟名称、选择要组合的模块，并选择个体和表达谱。
- 输入模拟名称。
- 选择要组合的模块（例如，您之前创建的 PK-Sim® 模块和扩展模块）。
- 点击 "Next >"（下一步）。
- 选择您要用于模拟的个体和表达谱。
- 点击 "OK"。
- 点击橙色箭头运行按钮（Run 图标）运行模拟，或者按 F5 键。
计算完成后，模拟结果将显示在 Results（结果）选项卡中。右侧将显示一个垂直的 Chart Editor（图表编辑器）面板。
Chart Editor（图表编辑器）允许您选择要在图表中显示的数据，并自定义图表外观。详情请参见图表组件。
