表达谱(Expression Profiles)
表达谱构建单元(BB)包含蛋白质的表达和定位信息。表达谱是一组参数路径和值的列表,用于定义蛋白质的表达,以及蛋白质分子在不同隔室中的初始条件。
从 PK-Sim 导入 PBPK 模型时,PK-Sim 模型中定义的每个蛋白质都会创建一个新的表达谱 BB。
与其他构建单元类型不同,表达谱 BB 不是模块的一部分,而是存储在 MoBi 项目浏览器的独立文件夹中。它们可以与项目的任何模块组合使用。如果模块不包含表达谱中定义的蛋白质,则该表达谱对模拟没有影响。
表达谱 — 功能概览
打开表达谱 BB 后,编辑器显示三个选项卡:
- Parameter(参数):列出了表达谱中定义的所有参数值。这些通常是蛋白质在不同器官或组织中的表达水平。
- Initial Conditions(初始条件):列出了表达谱中定义的所有初始条件。功能概览请参阅初始条件 BB的文档。
- Formulas(公式):列出了表达谱中使用的所有公式(用于参数值和初始条件)。
用户可以编辑值,但不能添加新条目或删除已有条目。要将蛋白质的表达添加到新结构(例如新器官)中,您需要在扩展模块中创建一个参数值 BB 和一个初始条件 BB,并在其中添加新条目。
表达谱可以保存为 pkml 文件,并在扩展模块中作为参数值 BB 或初始条件 BB 加载。
表达谱可以导出至 Excel。将创建两个工作表——一个用于参数值,一个用于初始条件。仅导出由常数值定义的值。
创建新表达谱
可以在 MoBi 中创建新的表达谱,需要访问基因表达数据库。在 MoBi 项目浏览器中右键点击 Expression Profiles(表达谱)文件夹,选择 Add Expression Profile(添加表达谱)。使用编辑器"Parameters"(参数)选项卡中的 Database Query(数据库查询)按钮,您可以搜索基因表达数据库中包含的表达谱信息。详细过程请参阅基因表达数据库文档。