个人学习笔记

  • 首页
  • NONMEM
  • PBPK
  • R语言
  • 其他
  • 常用链接
  • 博客简介
  • 隐私政策
学海无涯勤可渡,书山万仞志能攀
  1. 首页
  2. PBPK
  3. 正文

MoBi® 表达谱构建单元:三选项卡编辑器、PKML 导出与基因表达数据库创建详解

2026年8月19日 7点热度 0人点赞 0条评论

表达谱(Expression Profiles)

表达谱构建单元(BB)包含蛋白质的表达和定位信息。表达谱是一组参数路径和值的列表,用于定义蛋白质的表达,以及蛋白质分子在不同隔室中的初始条件。

从 PK-Sim 导入 PBPK 模型时,PK-Sim 模型中定义的每个蛋白质都会创建一个新的表达谱 BB。

与其他构建单元类型不同,表达谱 BB 不是模块的一部分,而是存储在 MoBi 项目浏览器的独立文件夹中。它们可以与项目的任何模块组合使用。如果模块不包含表达谱中定义的蛋白质,则该表达谱对模拟没有影响。


表达谱 — 功能概览

打开表达谱 BB 后,编辑器显示三个选项卡:

  • Parameter(参数):列出了表达谱中定义的所有参数值。这些通常是蛋白质在不同器官或组织中的表达水平。
  • Initial Conditions(初始条件):列出了表达谱中定义的所有初始条件。功能概览请参阅初始条件 BB的文档。
  • Formulas(公式):列出了表达谱中使用的所有公式(用于参数值和初始条件)。

用户可以编辑值,但不能添加新条目或删除已有条目。要将蛋白质的表达添加到新结构(例如新器官)中,您需要在扩展模块中创建一个参数值 BB 和一个初始条件 BB,并在其中添加新条目。

表达谱可以保存为 pkml 文件,并在扩展模块中作为参数值 BB 或初始条件 BB 加载。

表达谱可以导出至 Excel。将创建两个工作表——一个用于参数值,一个用于初始条件。仅导出由常数值定义的值。


创建新表达谱

可以在 MoBi 中创建新的表达谱,需要访问基因表达数据库。在 MoBi 项目浏览器中右键点击 Expression Profiles(表达谱)文件夹,选择 Add Expression Profile(添加表达谱)。使用编辑器"Parameters"(参数)选项卡中的 Database Query(数据库查询)按钮,您可以搜索基因表达数据库中包含的表达谱信息。详细过程请参阅基因表达数据库文档。

标签: 暂无
最后更新:2026年8月19日

MSxiaoming

得失从缘,心无增减

点赞
< 上一篇
下一篇 >

MSxiaoming

得失从缘,心无增减

标签聚合
NONMEN POPPK PBPK模型 R语言 群体药代动力学 NONMEM R语言,数据管理 浏览器工具

COPYRIGHT © 2023 个人学习笔记. ALL RIGHTS RESERVED.

Theme Kratos Made By Seaton Jiang

皖ICP备2023004398号-1