构建单元概念 MoBi® 中的构建单元（Building Block, BB）概念为模型创建提供了极大的灵活性，并实现了模型组件的可复用性。构建单元概念聚焦于系统中各组件之间实际的物理相互作用——即一旦两种分子被定义为反应伙伴，只要它们在同一容器中同时存在，就可以在模型的任何容器中发生相互作用。而分子的可用性又取决于模型的结构组织——即两个容器是否通过所谓的"邻域关系"（neighborhood relation）连接，以及组件是否可以进行主动或被动运输。 因此，构建单元概念极大地支持了以下两者之间的结构性分离：由…

目录 简介 MoBi® 窗口概览 从 PK-Sim® 导入 PBPK 模型 从零开始创建项目 创建并运行模拟 First Steps（入门指南） 本节将引导您完成 MoBi® 的第一个项目，并帮助您熟悉软件的用户界面。如果您已经熟悉 MoBi®，并希望了解模块化概念，请参阅模块化概念。 首先，我们将介绍 MoBi® 的窗口结构以及创建新 MoBi® 项目的基本步骤，随后描述如何设置和执行模拟。还将解释如何从 PK-Sim® 导入模拟。不过，MoBi® 还可以完成更复杂的应用，请参阅后续章节获取更详细的说明。 要创建…

OSP Suite：模块、理念与构建单元 摘要 本文是 Open Systems Pharmacology Suite（OSP Suite） 官方文档中“Modules, Philosophy, and Building Blocks”一节的个人学习笔记。原文介绍了 OSP 平台的整体软件生态、两个核心建模工具 PK-Sim 与 MoBi 的分工，以及支撑模型构建与复用的构建单元（building blocks）理念。笔记保留了原文的全部要点和两张核心图，并将内容译成中文，方便日后快速查阅。 引言 OSP Suit…

这篇 2019 年 Clinical Pharmacokinetics 综述的重点，是把 first-in-human（FIH）PBPK 预测从“建一个人体模型”推进到“按 ADME 风险逐项拆解、验证和表达不确定性”。文章由多家公司 GastroPlus User Group Steering Committee 科学家共同撰写，目标是更新早期已有的 FIH PBPK 建模策略，并用四个工业案例说明复杂化合物如何处理。 文章的中心判断很直接：PBPK 已经不只是 DDI 预测工具。用于 FIH PK 预测时，它的…

摘要 这篇 MiniReview 用两个癫痫候选分子说明 PBPK + PK/PD 如何从动物模型外推到人体治疗剂量。基准化合物是 brivaracetam（BRV），其主要作用靶点为 synaptic vesicle protein 2A（SV2A）；另一个 NCE 具有相同靶点选择性，用于演示如何通过同一靶点占有率推测人体剂量。 文章的关键链条是：在 audiogenic seizure 小鼠模型中建立血浆和脑组织 PK 模型，再把脑浓度与 ex vivo SV2A binding 和 seizure prot…

摘要 这篇文章用 chloroquine 做案例，验证一种抗疟药人体剂量预测路径：先在 P. falciparum 感染的人源化 NSG 小鼠模型 中做 dose fractionation，估计 PK-PD 参数和疗效驱动指标；再建立人体 PBPK 模型 预测 chloroquine 暴露；最后把小鼠 PK-PD 参数与人体 PBPK 推导的 PK 参数整合，模拟人体剂量-反应关系。 文章要回答的问题很明确：抗疟药从临床前进入人体时，能否用“临床前 PK-PD + 人体 PBPK”更理性地预测有效人体剂量和给药方…

摘要 这篇文章讲的是一个很有实践价值的 PBPK 用法：如何把一组抗疟药 PBPK 模型变成持续支持研发决策的策略，而不是只做一次性的模拟报告。 MMV、Certara UK 和 Monash University 合作建立了 20 个抗疟药 PBPK 模型，覆盖常用 legacy antimalarials 和两个进入 II 期开发的新化合物 MMV048、DSM265。这些模型基于标准化体外 DMPK assays 和文献临床数据构建，并在 MMV 的抗疟药研发中应用超过 5 年。 文章最核心的内容，是展示 P…

摘要 这篇文章的核心问题很实际：能不能用体外参数建立 bottom-up PBPK 模型，在临床前早期预测大鼠口服 PK，从而减少不必要的动物实验。 作者选择了 7 个常用 CYP probe 或代表性小分子作为 model drugs：phenacetin、tolbutamide、omeprazole、metoprolol、chlorzoxazone、nifedipine、baicalein。模型输入主要来自体外或可计算参数，包括 MW、logP、pKa、blood/plasma ratio、fu、PSA、HBD…

摘要 这篇文章是一篇 PBPK/PD 建模教程，题目很直接：How to Build a PBPK/PD Model。它不是讨论某一个新算法，而是把 PBPK 模型从基础结构、参数依据、被动/主动过程、建模步骤，到 ciprofloxacin 的 PBPK/PD 案例串成一套可执行路径。 文章最适合反复看的地方，是它把 PBPK 建模拆成几个层次：organism properties、drug properties、administration protocol/formulation properties，再把…

摘要 这篇文章讨论的是特殊人群 PBPK 里一个容易被低估的输入：血浆蛋白结合改变后，fraction unbound in plasma, fu 应该怎么预测。 很多特殊人群 PBPK 模型会这样处理：如果 albumin 或 alpha-1-acid glycoprotein, AAG 浓度变了，就按蛋白浓度变化去调整 fu，同时默认药物和蛋白的结合亲和力没有变化。过去常见的验证方式是比较 predicted fu 和 observed fu 是否相关。 作者指出，这个验证角度可能太宽松。对特殊人群建模来说，真…

摘要 这篇文章讨论一个很实用的问题：PBPK model 能不能被压缩成更简单的 compartmental PK model，以及这种压缩在真实药物案例中到底有多可靠。 作者用 lumping method 把全身 PBPK 模型中的多个组织和器官合并成 lumped model，再把它和传统 compartmental PK model 放在一起比较。研究对象不是一个模拟玩具例子，而是 20 个已经批准或已有文献模型的真实药物，覆盖不同清除、分布、治疗类别和 BDDCS 分类。 核心结论可以先记住一句：PBPK…

摘要 这份 SOT 2018 Continuing Education AM07 课件的主题是：如何用 physiologically based pharmacokinetic modeling（PBPK/PBK/PBTK）支持现代化化学品安全评估。它不是单纯讲建模公式，而是把 PBPK 放在 21 世纪毒性测试、体外方法、计算方法、IVIVE/QIVIVE、敏感人群、模型可信度和人类生物监测数据之间来理解。 我把它当作一门 PBPK 风险评估课来读。主线可以概括为：体外毒性数据告诉我们效应浓度，暴露模型告诉我们…